ffmpeg.exe -i source.mp4 -filter_complex "[0:v]transpose=dir=cclock[out_v]" -map "[out_v]" -map 0:a  cible.mp4

Via Sebsauvage
Si ça permet de remplacer le puissant mais un peu moisi Format Factory...

ffmpeg.exe -i FICHIERSOURCE.mp4 -vf hue=s=0 FICHIERCIBLE.mp4

Avec :

• changement de taille : -s 960x540 (à mettre juste derrière le nom du fichier source sinon ça marche pas - enfin j'ai pas testé mais je l'ai lu)
• désentrelacement : -qscale 0 (mon but était de faire disparaître une sorte de rendu un peu bizarre sur la vidéo source, donnant l'impression qu'une ligne sur deux était affichée, ainsi qu'un effet un peu zigzag très moche, l'option qscale 0 a bien corrigé le problème)

ffmpeg.exe -i "fichierSource.MTS" -s 960x540 -vcodec mpeg4 -b:v 15M -acodec libmp3lame -b:a 192k -qscale 0 "fichierCible.mp4"

Peut-être que la commande fonctionne aussi sous Windows, à tester.
Ras le bol de cette différence de son insupportable entre les dialogues qui chuchotent et les explosions qui défoncent les murs...

Vidéo de départ : 1280x720 (sortie d'un Samsung S2).
Codec :H264 - MPEG-4 AVC (part10) (avc1)
Débit : 30 images/s
Audio : MPEG AAC Audio (mp4a) stéréo 48000Hz
Durée : 00:01:07
Poids : 102,3 Mo

La commande ci-dessous redimensionne de moitié, transforme en mono, passe la fréquence à 22050Hz et recompresse le flux :
ffmpeg -i test.mp4 -vf scale=640:360 -ac 1 -ar 22050 -q:v 6 test.avi
Poids : 7,5 Mo

Installer ffmpeg sur linux mint :
sudo add-apt-repository ppa:mc3man/trusty-media
sudo apt-get update
sudo apt-get install ffmpeg

(Suite à http://fabienm.eu/shaarli/?eAlp9g )

"Les appareils photos font des vidéos bien trop grosses. Pour réduire la taille sans trop toucher à la qualité voici la commande :
ffmpeg -i input.mov -q:v 3 output.avi
"
Merci Yakmoijebrille pour cette astuce !

Installation de ffmpeg sous Ubuntu/Mint : http://linuxg.net/how-to-install-ffmpeg-2-4-1-on-ubuntu-14-10-ubuntu-14-04-and-derivative-systems/