ffmpeg -i input.mkv -vf scale=-1:720 -c:v libx264 -preset fast -crf 20 -map 0:v:0 -map 0:3 -map 0:5 -c:a copy -c:s copy output.mkv

ici le canal audio EN est le 3 et le subtitle FR est le 5, d'où :

-map 0:3 -map 0:5